继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
肯齐·理查森
托尼,莎拉·菲尔伯鲍姆,劳拉·阿德里亚尼,爱丽丝·卢帕雷利,妮可·吉玛多,达维德·伊科皮尼,卡罗利娜·克雷申蒂尼,西尔维娅·达米科,阿莱西奥·博尼,詹卡洛·科马尔,伊莱尼·帕斯托雷利
Osvaldo,Benavides,米歇尔·布朗,劳尔·布里奥内斯,Jorge,Zárate
乔西·查尔斯
LL,Cool,J,斯科特·凯恩
莫莉·帕克
